Genetics and Genomics Service de conception de couvertures de journaux (GWAS)

Journal of Genetics and Genomics

3 February 2023

Les analyses génomiques et transcriptomiques permettent l'identification de gènes importants associés au dépôt de graisse sous-cutané chez les vaches Holstein

Hailiang Zhang^a,1, Siyuan Mi^a,1, Luiz F. Brito^b, Lirong Hu^a, Lei Wang^a, Longgang Ma^a, Qing Xu^c, Gang Guo^d, Ying Yu^a,*, Yachun Wang^a,*

10.1016/j.jgg.2023.01.011

Les principaux objectifs de cette étude sont d'identifier les gènes candidats clés régulant le dépôt de graisse sous-cutanée chez les vaches laitières hautement productives en intégrant des ensembles de données génomiques et transcriptomiques. Au total, 1 654 vaches Holstein génotypées sont utilisées pour réaliser une étude d'association pangénomique (GWAS) visant à identifier les gènes associés au dépôt de graisse sous-cutané. Par la suite, des analyses pondérées du réseau de co-expression génique (WGCNA) sont effectuées sur la base des données de séquençage de l'ARN de 34 vaches et des écarts de rendement des vaches en matière de dépôt de graisse sous-cutanée. Enfin, des gènes d'ARNm, d'ARNnc et d'épissage différentiellement exprimés (DE) ainsi que des gènes d'épissage différentiellement alternatifs sont obtenus pour 12 vaches Holstein présentant des phénotypes extrêmes et divergents pour le dépôt de graisse sous-cutanée. En intégrant tous les résultats, les gènes NID2, STARD3, UFC1, DEDD, PPP1R1B et USP21 sont considérés comme les gènes candidats les plus importants influençant les caractères de dépôt de graisse sous-cutanée chez les vaches Holstein.